Военная группировка в регионе (Северо-Кавказский военный округ) является самой большой в России. На начало 2001 в Чечне размещалась 100-тысячная группировка федеральных сил, участвовавшая во второй чеченской кампании. Впервые о сокращении этой группировки было объявлено 22 января 2001 года, когда президент России Владимир Путин подписал указ «О мерах по борьбе с терроризмом на территории Северо-Кавказского региона РФ». По этому документу руководство операцией переходило от Министерства обороны к ФСБ, а в республике должны были остаться только части постоянной дислокации, насчитывавшие 25-30 тыс. человек: 42-я мотострелковая дивизия (15 тыс. человек), 46-я бригада внутренних войск (7 тыс.) и Итум-Калинский погранотряд (3 тыс.) Вывод войск начался 13 мая 2001. За полтора года численность группировки сократилась примерно до 80 тыс.. 3 ноября 2002, после захвата чеченскими боевиками театрально-концертного зала на Дубровке в Москве, министр обороны РФ Сергей Иванов заявил о приостановлении вывода войск, которые вместо этого начинают «масштабную и жестокую операцию» по всей Чечне. О новом значительном сокращении было объявлено в начале марта 2003, в рамках подготовки к референдуму по конституции Чечни. После референдума сокращение фактически остановилось, а 14 ноября 2003 года командующий Северо-Кавказским военным округом генерал-полковник Владимир Болдырев заявил, что группировка войск в Чечне достигла оптимального количества — 75 тыс. человек. В последующие годы в ходе плановой ротации армейских и милицейских подразделений их численность постепенно сокращалась и к середине 2006 достигло примерно 50 тыс. человек. Контингент внутренних войск в Чечне составляет 24 тыс. человек. Непрекращающиеся действия отрядов боевиков на территории Чечни, а в последнее время — и соседних республик Северного Кавказа, требуют привлечения к борьбе с ними более профессиональных войск. В связи с этим министерство обороны РФ уже в 2004 году объявило о планах перевода на полностью контрактную основу частей 42-й дивизии (Чечня), а также горных комендатур и подразделений спецназа. До конца 2007 года на службу по контракту будет переведено 20 соединений и частей СКВО общей численностью 57 тыс. чел, что составит более половины личного состава округа. В округе дополнительно дислоцированы две горнострелковые бригады — в Ботлихе (Дагестан) и Карачаевске (Карачаево-Черкесия). Одновременно здесь наращивается и пограничная инфраструктура. К концу 2007 года все пограничники на Северном Кавказе станут контрактниками. Усиление охраны границы с Грузией и Азербайджаном необходимо для предотвращения проникновения на Северный Кавказ иностранных наёмников. Принято решение об обеспечении безопасности Юга России в первую очередь за счёт людских ресурсов ЮФО, то есть местного населения. 8 августа 2006 президент Путин издал указ, которым обязал силовые ведомства внести предложения о поэтапном (в течение 2007—2008 гг.) выводе из Чечни находящихся там на временной основе подразделений Министерства обороны и МВД России и об изменениях в системе управления остающихся в республике на постоянной основе силовых структур. 21 августа 2006 министр внутренних дел Рашид Нургалиев объявил о роспуске регионального оперативного штаба (РОШ), созданного для руководства контртеррористической операцией на Северном Кавказе, и о создании вместо него во всех региональных республиках оперативных штабов во главе с офицерами МВД России, призванных завершить ликвидацию бандформирований. Самый крупный оперативный штаб под контролем самого министра Нургалиева создаётся в Чечне. Как заявили сами представители МВД, подобная реорганизация стала возможной благодаря устранению крупных лидеров бандформирований, в частности Шамиля Басаева, что практически разрушило централизованное управление бандитским подпольем, и созданию Национального антитеррористического комитета. При этом сохраняется объединённая группировка войск и сил в Северо-Кавказском регионе, подчиняющаяся оперативному штабу, который размещён в Чечне.[8]